东京市内有成田机场与羽田机场两个机场，南航大部分直飞东京的航班会在成田机场起降，具体航班信息如下：
| 航线 | 航班号 | 起飞 | 到达 | 班期 |
| 广州- 东京羽田 | CZ385 | 09：05 | 14:20 | 每天 |
| 东京羽田- 广州 | CZ386 | 15:40 | 19:25 | 每天 |
| 广州- 东京羽田 | CZ3085 | 14:35 | 19:45 | 每天 |
| 东京羽田- 广州 | CZ3086 | 10:45 | 14:30 | 每天 |
| 长春- 东京成田 | CZ623 | 08:15 | 11:55 | 周二、周日 |
| 东京成田- 长春 | CZ624 | 13:25 | 15:10 | 周二、周日 |
| 沈阳- 东京成田 | CZ627 | 08:30 | 12:25 | 周二、周四、周六 |
| 东京成田- 沈阳 | CZ628 | 13:25 | 15:35 | 周二、周四、周六 |
| 大连- 东京成田 | CZ629 | 08:20 | 12:10 | 周一、周三、周五、周日 |
| 东京成田- 大连 | CZ630 | 13:25 | 15:35 | 周一、周三、周五、周日 |
| 哈尔滨- 东京成田 | CZ6085 | 08:05 | 11:50 | 周三、周日 |
| 东京成田- 哈尔滨 | CZ6086 | 12:50 | 14:35 | 周三、周日 |
| 武汉- 东京成田 | CZ8363 | 08:15 | 13:00 | 周二、周五 |
| 东京成田- 武汉 | CZ8364 | 14:00 | 17:15 | 周二、周五 |
| 郑州- 东京成田 | CZ8383 | 08:20 | 13:20 | 周二、周四、周六 |
| 东京成田- 郑州 | CZ8384 | 14:20 | 17:35 | 周二、周四、周六 |
| 长沙- 东京成田 | CZ8415 | 08:20 | 12:55 | 周一、周五 |
| 东京成田- 长沙 | CZ8416 | 13:55 | 17:15 | 周一、周五 |
*以上航班信息仅供参考